蔡英文总统在起用重要军职将领时，打破军中不少惯例；这位中华民国第一位女性三军统帅，任用军事首长的确有别于以往的总统。

以这波军事与情治人事异动案而言，国安会秘书长回头当国防部长，参谋总长当退辅会主委，前国防部副部长接国安局副局长，都是首例，全都不按牌理。

以国防部长严德发为例，参谋总长届龄退役后，先破例调任国安会谘询委员，再接任国安会秘书长；军方曾有多位中将退役去接国安会副秘书长职，却从无上将而且曾任总长，出任国安会谘委；再者，国安会秘书长承总统之命，是国防部的上级协调单位，严德发先当秘书长再去当国防部长，也是史无前例。当然，国安会秘书长有将无兵，国防部长才握有资源与实权。

另退辅会主委邱国正，先做半年的参谋总长即届龄退役，按常理，如果上将仅还有半年就要退，通常就不会再调整职务，但蔡总统还是让邱升总长，已是不寻常；再者，退辅会主委惯例虽由退役上将出任，但还没有当过总长出任的例子，邱国正是第一例。

从蔡总统重用其任内两位参谋总长显示，现任总长李喜明上将，未来亦可望受到重用。

蔡英文上任后，陆海空三军司令职位已全换了，其用人特色都是跳过现役上将，直接让资深中将升上将接任；陆军司令王信龙、海军司令黄曙光、空军司令张哲平都是中将直接拔擢，其用意自是让军种司令心怀感恩效命。

此外，国军本来精减到只有7位上将职位，蔡总统则将文人副部长职位也修改成军文通用，并给了军人，让军人从7位上将缺，增加到8位。此外，让中正理工学院毕业的张冠群升上将，并担任副部长，也是首例；前国防部副部长柯承亨接任国安局副局长，亦是无例可循。